Mit der Machtübernahme der Nationalsozialisten beginnt 1933 das dunkelste Kapitel in der Geschichte der Stadt: die systematische Unterdrückung der jüdischen Bevölkerung. 1938 löst der Staat das Oberamt auf. Der Rottumort wird den Landkreis Biberach zugeschlagen.
Ein Flugplatz der Reichsluftwaffe wird eingerichtet. Die Diskriminierung und Entrechtung der Juden erreicht beim Novemberpogrom 1938 mit der Zerstörung der Synagoge ihren schmerzlichen Höhepunkt. Am 19. August 1942 werden die letzten Laupheimer Juden in Konzentrationslager deportiert, die jüdische Gemeinde ist ausgelöscht. Der zweite Weltkrieg hat in der ganzen Stadt Spuren hinterlassen.
Das Referat "Geschichte und Verantwortung" fördert die vorwiegend ehrenamtlich geleistete Arbeit der Gedenkstätten für die Opfer des Nationalsozialismus und aus dem Widerstand. Es arbeitet dazu mit der Landesarbeitsgemeinschaft der Gedenkstätten und Gedenkstätteninitiativen und den beteiligten Landeseinrichtungen zusammen.