Der im Nachbardorf ansässige Baltringer Haufen zerstört 1525 im Bauernkrieg die Laupheimer Burg. 1582 treten die Herren von Welden die Herrschaft von Laupheim an. Die Welden bauen Laupheim zu ihrer Residenz aus. 1584 begründen sie die erste Volksschule. 1596 bekommt Laupheim sein grün-weiß-rotes Wappen. Es zeigt das Familienwappen des Freiherrn Karl von Welden und drei Laubblätter, die auf den Gemeindenamen Bezug nehmen.
Die letzte Ellerbacherin, Anna von Freyberg, stiftet das Hospital zum Heiligen Geist, das 1601 gebaut wird und noch heute ein Altenheim beherbergt.
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